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SNP 基因型檢測- 小麥35K 芯片檢測


小麥35K SNP芯片(Axiom? Wheat Breeder Genotyping Array)是由英國布里斯托爾大學生物科學學院谷物功能基因組與Affymetrix專家合作設計的一款育種芯片。該芯片探針的選擇是基于標記的遺傳圖譜、多樣性水平以及它們在全球性優良種質中的表現,并且該芯片的有效性標記能夠覆蓋整個小麥基因組,是小麥育種計劃中高通量篩選的理想選擇。


技術特點


1.35,143個標記分布在A、B和D基因組中,其中35,042個標記在21條小麥染色體中有物理或遺傳學上的圖譜映射。

A基因組:10,819個標記

B基因組:12,932個標記

D基因組:11,291個標記

2.所有標記都在Axiom?基因分型平臺進行過測試,芯片上的標記均具有高度多態性

3.包含共顯性(Codominant) SNP,確保在純合子和雜合子之間具有明確區分

4.SNP展示出多態信息含量(PIC)分值范圍

5.SNP的發現和驗證是通過使用育種人員所用的一套含140種優良小麥品系來完成

6.經過測試的、代表硬質和軟質品種的樣本由Syngenta、KWS、RAGT和Limagrain提供


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技術流程


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項目周期


由于芯片是384制式的,需要滿384樣品才能起始實驗,中玉金標記從收到樣本到完成客戶所需的分析需要一個月左右,如果客戶需要定制化服務則可能需要更長的時間。


參考文獻

參考文獻

1. LabTube interview with Gary Barker, University of Bristol http://www.labtube.tv/playVideo.aspx?vid=161532

2. PAG Presentation by Gary Barker, University of Bristol https://www.youtube.com/watch?v=9YLydFzaM4Y

3. Allen A. M., et al. Discovery and development of exome-based, co-dominant single nucleotide polymorphism markers in hexaploid wheat (Triticum aestivum L.). Plant Biotechnology Journal 11(3):279?295 (2012).

4. http://www.cerealsdb.uk.net/cerealgenomics/CerealsDB/axiom_mapped_snps.php

5. http://www.cerealsdb.uk.net/cerealgenomics/CerealsDB/axiom_35K_search.php

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