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甲基化測序概述


DNA甲基化是重要的表觀遺傳學調控機制,可以抑制基因轉錄過程,在重要生物學過程中起調控作用,是當前生命科學研究的熱點之一。

目前,甲基化測序有兩類主要的技術原理:

1)使用重亞硫酸鹽(bisulfite)處理DNA樣本,將未甲基化的胞嘧啶(C)轉化為尿嘧啶(U),通過高通量測序比較處理前后DNA序列差異判斷各位點的甲基化狀態;

2)利用同裂限制性內切酶(如HpaII和MspI)對不同甲基化狀態位點切割能力的差異,產生不同切割序列,進而通過測序方法識別相應的切割狀態來識別切點的甲基化狀態。

項目特點


依據是否對待測基因組DNA進行限制性內切酶處理加以簡化,甲基化測序可分為全基因組甲基化測序和簡化甲基化測序。

其中,全基因組甲基化測序主要使用重硫酸鹽處理(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS),可以在全基因組水平提供單堿基精度的甲基化狀態,是甲基化測序的金標準。但是,WGBS對測序數據量要求高,成本較高。

簡化甲基化測序可以在內切處理后使用重硫酸鹽處理(Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS),也可以采用不同的甲基化狀態敏感同裂限制性內切酶處理(Amplified-Fragment Single nucleotide polymorphism and Methylation,AFSM)。簡化甲基化測序可以以較小的測序數據量得到甲基化狀態信息,成本較低,但無法覆蓋全基因組的所有甲基化位點。


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技術路線


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項目時間


中玉金標記從收到樣本到完成客戶所需的分析一般需要90天,如果客戶需要訂制化服務則可能需要更長的時間。


經典案例


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加州大學洛杉磯分校的Jacobsen研究組首次利用全基因組甲基化測序技術測定了基因分辨率的擬南芥全基因組單堿胞嘧啶甲基化圖譜,系統分析了擬南芥基因組甲基化的序列特征,驗證了WGBS測序技術的在基因組甲基化研究中的強大威力。

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