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科研解決方案

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基因組DNA進行建庫及測序

重測序項目對目標樣本的基因組DNA進行建庫和測序,然后通過生物信息學分析將測序數據比對到參照基因組上,從而得到大量的遺傳變異信息。
常見的應用方向是GWAS、突變微點定位、遺傳進化等。

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2014Xu,Identification of candidate genes for drought tokerance by whole genome resequencing in maize

全基因組重測序特點

與芯片KASP等標記檢測方法相比,重測序項目有兩個主要區別。

一是重測序可以檢測出目標樣本中所有可測到的遺傳變異,其中很多可能是全新的變導位點, 但是芯片和KASP等技術只能檢測已經設計好并且驗證過的變導位點。

二是重測序可以發現大量的遺傳變異位點,一般來說芯片能夠達到幾萬到幾十萬的標記密度,但是重測序一般可以產生百萬以上級別的標記密度。

所以對于標記密度要求很高或者群體多態性特殊的項目來講,重測序是一個很好的選擇。


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全基因組重測序流程

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項目時間


中玉金標記從收到樣本到完成客戶所需的分析一般需要30天到60天不等,如果客戶需要訂制化服務則可能需要更長的時間。


經典案例

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韓斌院士研究組對517個大米地方種進行重測序得到了大約360成個SNP標記,并利用SNP標記對14個農藝性狀進行了全基因組關聯分析(GWAS)。

技術路線總結

 1.收集大量高多態性材料組成自然群體

2.對自然群體進行重測序

3.通過生物信息學分析得到大量SNP標記

4SNP標記功能注釋、Imputation、群體結構分析

5.進行GWAS分析,得到每個性狀相關聯的QTL


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